在公元2015年，一個魔術尚存的最后時代之中。人理繼續保障機關「Chaldea」，透過近未來觀測鏡「Sheba」突然發現人類即將在接下來的2016年中毀滅。為了針對異象及時空特異典進行解析及干涉，他們利用被統稱為「Grand Order」的禁忌儀式，將術師靈子化之后送回過去，只為阻止人類歷史就此中斷。　　被扭曲的冬木圣杯戰爭，Saber（阿爾托利亞·潘德拉貢）黑化并殺掉Caster以外的所有從者順道滅了整個冬木后在大空洞等待Caster的來臨。這次戰爭的Caster為庫·丘林，他個人表示如果職階是Lancer就能秒殺黑Saber，因為主角，瑪修和奧爾嘉瑪麗的介入，成功停止了這場瘋狂的圣杯戰爭，但Saber和Caster雙雙消失意味著這場戰爭沒有人獲得圣杯。關卡最后消滅了奧爾嘉瑪麗靈魂的雷夫加上這次戰爭的Saber也認識Grand Order，到底是…？